Pentagon zezwolił na wykonywanie bardziej dynamicznych manewrów przez F-35.
Pożar silnika jednego z F-35A (AF-27) ze składu US Air Force, jaki miał miejsce 23 czerwca w bazie Eglin, spowodował, że czwórka F-35B, oczekujących na lot do Europy, w celu wykonania przelotu nad lotniskowcem Queen Elizabeth (Chrzest HMS Queen Elizabeth, 2014-07-04), a następnie wzięcia udziału w pokazach RIAT i targach w Farnborough, została uziemiona w bazie Patuxent River, w oczekiwaniu na wyniki dochodzenia. Ostatecznie okazało się, że pożar został spowodowany nadmiernym tarciem łopatek 3. stopnia wentylatora (sprężarki niskiego ciśnienia) o wykładzinę cierną osłony, w efekcie czego nastąpił wzrost temperatury i powstały mikropęknięcia, które spowodowały zniszczenie zmęczeniowe elementu. Co warte uwagi, kilkanaście dni wcześniej loty F-35 także zostały wstrzymane, również z powodu problemów z silnikiem (Pentagon uziemił czasowo F-35, 2014-06-16).
15 lipca Pentagon zezwolił na wykonywanie lotów F-35, ale z ograniczeniami. Samoloty nie mogły wykonywać manewrów z przeciążeniem większym niż n+=3 i rozwijać prędkości ponad M0,9. Zabroniono także przekraczania 18º kąta natarcia podczas lotu. Loty F-35 nie mogą trwać dłużej niż 3 h. Po każdym z nich konieczne jest wykonanie przeglądu horoskopowego sprężarki niskiego ciśnienia.
Według dzisiejszych doniesień agencji Reutera, Pentagon złagodził nieco wspomniane restrykcje. Obecnie F-35 mogą latać z prędkością M1,6 i wykonywać manewry z przeciążeniem n+=3,2. Jak mówi rzeczniczka bazy Patuxent River, Sylwia Pierson, F-35B należące do US Marine Corps i F-35C ze składu US Navy wykonują obecnie 5-6 lotów próbnych dziennie.
Kolejnym problemem, z jakim od dawna boryka się F-35 jest niedopracowane oprogramowanie. Według najnowszych doniesień ma ono zostać dostarczone wojsku z 14-miesięcznym opóźnieniem, ale nie wpłynie to na zdolności bojowe samolotów. Rzecznik Lockheed Martina, Joe DellaVedova, przyznaje, że dotychczas opracowano już oprogramowanie dla samolotu i jego wyposażenia, liczące 7,4 mln linii. Całość ma liczyć 8 mln linii. Z kolei oprogramowanie systemu obsługi naziemnej i wsparcia logistycznego liczyć ma 15.9 mln linii.
Laura Siebert, także reprezentująca Lockheed Martina twierdzi, iż w lipcu 2015 USMC otrzyma kompletne oprogramowanie Block 2B, co pozwoli na zadeklarowanie wstępnej zdolności bojowej samolotów F-35B.