W kwietniu 1995 rząd czeski zdecydował się wesprzeć budowę przez Aero Vodochody wielozadaniowych samolotów L-159A (ALCA) na bazie treningowych L-59. L-159A miał być wyposażony w awionikę Rockwell North American i silniki Honeywell F124. 4 lipca 1997, jeszcze przed początkiem badań prototypu, rząd Vaclava Klausa zamówił 72 lekkie myśliwce L-159A. Na program przeznaczono 967 mln USD. W tym czasie rząd miał bezpośrednio 35,34% akcji Aero Vodochodów, poprzez fundusz AO Letka kontrolował 35,66%, a poprzez Konsolidacni Bank i Ceska Konsolidacni Agentura pozostałych 29%.
W 1996 amerykański koncern Boeing wykupił Rockwell North American i rozpoczął starania o przejęcie kontroli nad Aero Vodochodami. W rozmowach z nowym czeskim rządem zobowiązał się do restrukturyzacji zakładów, znalezienia nowych rynków zbytu dla ich wyrobów (przede wszystkim L-159), w tym wprowadzenia ich na rynek USA. Miał także przenieść część swojej produkcji do Czech. 17 sierpnia 1998 rząd czeski sprzedał za 950 mln koron (ok. 32 mln USD) 35,29% akcji Aero Vodochodów (0,05% zostało sprzedane drobnym akcjonariuszom) spółce Boeing Ceska, której 90% kapitału należało do Boeinga. Amerykański koncern uzyskał przy tym na 10 lat prawo do obsadzania 3 z 5 miejsc w radzie nadzorczej.
Kontrolowane przez Boeinga Aero Vodochody niezwłocznie poinformowały o opóźnieniu dostaw zamówionych L-159A (ostatni dostarczono ostatecznie 3 lutego 2004). Zakłady uzyskały symboliczne zamówienia na części do myśliwców F/A-18E/F i pasażerskich 747, 757 i 767. W program L-159A i L-159B (wersja dwumiejscowa, oblatana w 2002) Boeing zainwestował (przynajmniej formalnie) jedynie 15 mln USD. Amerykański koncern nie podjął żadnych starań o uzyskanie zamówień zagranicznych. W przetargu na samoloty szkolne dla Grecji wystawił wręcz konkurencyjne wobec L-159 (który w ogóle nie został zaoferowany!), produkowane w USA, T-45 Goshawk. Boeing nie uzyskał nawet praw do serwisowania ponad 100 samolotów L-39 używanych przez Amerykanów (pod pozorem problemów prawnych). Aero Vodochodom udało się sprzedać jedynie 12 L-39 Jemenowi (na podstawie wcześniej zawartego kontraktu) i za symboliczne kwoty pozbyć 27 używanych, starych L-39ZA.
W 2004, po dostarczeniu ostatniego L-159 czeskim wojskom lotniczym, linię produkcyjną zamknięto, zwalniając 400 pracowników. Sytuacja finansowa zakładów błyskawicznie się pogarszała.
Jesienią 2003 rząd czeski podjął pierwszą próbę odzyskania kontroli nad Aero Vodochodami. W zamian za wsparcie finansowe usiłował wprowadzić do rady nadzorczej byłego ministra obrony Jaroslava Tvrdika. Mimo udzielenia gwarancji kredytowych wartych 300 mln USD Czesi niczego nie uzyskali. Boeing zażądał kolejnych 250 mln USD, a jednocześnie sprzeciwił się kandydaturze Tvrdika. Nie zgodził się też na jego byłego zastępcę z ministerstwa obrony.
Tocząc spór z rządem czeskim i nie mając perspektyw na kolejne pieniądze Boeing zasygnalizował chęć wycofania się ze spółki. Zażądał w zamian miliarda koron, tyle ile zapłacił w 1998 z uwzględnieniem inflacji. Rząd czeski tym razem nie poszedł na ustępstwa. 6 października ogłoszono o odkupieniu 35,29% akcji za... 2 korony. Odkupione akcje zostały rozdzielone pomiędzy pozostałych czeskich akcjonariuszy - Letka i CKA. Aby uratować Aero Vodochody rząd udzielił im kolejnego kredytu - 400 mln USD.
Po odzyskaniu kontroli nad spółką, rząd oszacował straty związane z jeszcze jedną transakcją - produkcją kadłubów śmigłowców Sikorsky S-76C+. W kwietniu 2000 zamówił ich 105 za 230 mln USD. Miały być dostarczone w ciągu 7 lat. Sprzedawane znacznie poniżej kosztów wytwarzania od 2001 do 2004 kadłuby S-76C+ przyniosły stratę na poziomie 1,2 mld koron (ok. 40 mln USD, ponad milion dolarów na kadłub!). Tyle samo zarobił Sikorsky - obecnie zarządzający PZL w Mielcu!
Z 72 L-159A jeden się rozbił, a tylko 24 są dziś eksploatowane przez czeskie wojska lotnicze (6 z nich pozostaje w rezerwie). Reszta od 5 lat czeka zmagazynowana na klientów. Bogato, choć wcale nie najnowocześniej wyposażone samoloty, nie znajdują chętnych na zakup.
Na interesach z Boeingiem Czechy straciły ponad miliard dolarów!
W październiku 2006 akcje Aero Vodochodów odkupił zarejestrowany na Cyprze słowacko-czeski fundusz Penta. Zapłacił 2,91 mld koron. Penta uczestniczy obecnie w negocjacjach dotyczących zakupu akcji polskiej wytwórni śmigłowców - PZL Świdnik.
