Wojnę NATO rozpoczęło w oparciu o stawianie Jugosławii zarzutów mówiących o dokonywaniu czystek etnicznych w Kosowie i masowym wypędzaniu ich z domów. Zanim doszło do nalotów NATO-wskich, odnotowano emigrację około ośmiu tysięcy uchodźców kosowskich. W połowie kwietnia, gdy na dobre rozgorzały naloty NATO, było ich już paręset tysięcy. Ogółem w trakcie bombardowań NATO z Kosowa uciekło ponad 800 tys. kosowskich Albańczyków i blisko 200 tys. kosowskich Serbów. Mało kto ukrywał, iż powodem migracji są naloty i bombardowania.
Bezspornie największe szkody naloty lotnictwa NATO poczyniły w obiektach, które nie mogły zostać zamaskowane, ani nie były w stanie manewrować. Były nimi cele statyczne. Wśród nich znalazły się koszary, składy amunicji (jedne i drugie puste), lotniska, zakłady przemysłu obronnego. Lecz większość spośród tych celów stanowiły obiekty infrastruktury przemysłowej, administracji państwowej, stacje radiowo-telewizyjne i inne cele o przeznaczeniu cywilnym. Zniszczono m.in. 36 fabryk, w tym takie, które trudno zakwalifikować do celów o znaczeniu strategicznym. Zbombardowano szereg zakładów (rafinerie, fabryki chemiczne), których uszkodzenie spowodowało potężne szkody ekologiczne. Zniszczono 12 stacji kolejowych. Mimo tak prostych do trafienia celów i w tym przypadku zanotowano niezbyt wysoką skuteczność rażenia. Według Raportu do Kongresu USA zniszczono 45 mostów na 65 atakowanych, lecz według innych danych amerykańskich uszkodzono i zniszczono ich raptem 24. Na około 30 atakowanych centrów telekomunikacyjnych zniszczono trzy. Jak wiadomo doszło do szeregu omyłkowych trafień, w wyniku których zginęło kilkuset cywilów. W sumie wśród strat ludności cywilnej odnotowano 500 zabitych i 271 zaginionych. Według raportów amerykańskich wskaźnik ten jest optymistyczny, ponieważ w porównaniu z szeregiem innych wojen zginęło stosunkowo mało cywilów.
W ziemi Kosowa, Czarnogóry i Serbii pozostało około 10 ton amunicji ze zubożonego uranu. Według NATO i armii amerykańskiej fakt ten pozostaje bez żadnego negatywnego wpływu na zdrowie ludzi i zanieczyszczenie środowiska. Zgoła innego zdania są niezależne organizacje ekologiczne, szereg pozarządowych organizacji zajmujących się łamaniem praw człowieka, szereg środowisk lekarskich.
To, po stratach jugosłowiańskich, kolejny temat budzący niezwykłe kontrowersje. Oficjalnie NATO przyznaje się do straty dwóch samolotów w wyniku zestrzeleń i paru dalszych w wyniku awarii i wypadków. W zależności od źródeł, podobnie jak w przypadku strat jugosłowiańskich, tak i tu występują niemałe rozbieżności. Jak nietrudno przewidzieć, głównymi oponentami ocen NATO są źródła rosyjskie i jugosłowiańskie, choć nie tylko.
