Według analiz USAF, godzina lotu myśliwców F-35 w służbie operacyjnej będzie kosztować 32 tys. USD. Koszt godziny lotu F-16C wynosi 25 tys. USD.
Szef sztabu US Air Force, gen. Mark Welsh poinformował w czasie briefingu prasowego w Pentagonie, że koszt godziny lotu myśliwców F-35A w warunkach operacyjnych będzie wynosić ok. 32 tys. USD. To o 7 tys. USD więcej niż w wypadku samolotów F-16C/D. Według gen. Welsha, przedstawione dane mają charakter wstępny i zostaną dopiero zweryfikowane w czasie operacyjnej eksploatacji myśliwców.
Obecnie eksploatowane F-35A nie wykorzystują jeszcze pełnego systemu logistycznego. Dotyczy to m.in. autonomicznego pokładowego systemu logistycznego (autonomic logistics information system). Na jego wdrożenie potrzebne są jeszcze 2 lata. Dopiero wówczas będzie można określić rzeczywiste koszty eksploatacji nowych samolotów.