Minister ON Tomasz Siemoniak zarządził pozbawienie wszelkich pełnomocnictw dyrektora, pomysłodawcy i twórcy Narodowego Centrum Kryptologii – gen. Krzysztofa Bondaryka.
Krzysztof Bondaryk – historyk, opozycjonista, działacz KPN, pracownik UOP, wiceminister spraw wewnętrznych w rządzie Jerzego Buzka, szef Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego, złożył w 2013 prośbę o dymisję z ABW. Nieoficjalnie mówiło się o jego zderzeniu ze specyficzną wizją rządów premiera Donalda Tuska. Bondaryk trafił do MON, gdzie otrzymał rangę doradcy i pełnomocnika ministra do spraw kryptologii i walki w cyberprzestrzeni. Później minister Siemoniak pozwolił mu zbudować własną strukturę – Narodowe Centrum Kryptologii. Podobnie jak tego wcześniej doświadczyli twórcy Inspektoratu Implementacji Innowacyjnych Technologii Obronnych (I3TO miał być szeroko otwartą na nowe prądy i rozwiązania technologiczną bramą prowadzącą resort ku nowoczesności mentalnej i technicznej) – zepchniętego obecnie na margines MON – w połowie 2014 Bondaryk zaczął zderzać się boleśnie z rzeczywistością resortu.
Generał Krzysztof Bondaryk (mianowany na ten stopień 9 listopada 2010 w korpusie oficerów Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego) nie krył, iż polską wojskową kryptologię i kryptografię trzeba stworzyć od zera, skoro w 95-% jesteśmy w tej materii uzależnieni od technologii i rozwiązań amerykańskich. Uważał, że kluczem do powolnego odzyskiwania suwerenności na tym polu jest budowa własnych urządzeń i zastosowanie wypracowanych samodzielnie algorytmów. Zwrócił uwagę kierownictwa MON, że w wojsku zatrudnieni są szyfranci, ale nie ma kryptologów z prawdziwego zdarzenia. Według koncepcji Bondaryka, sposobem odzyskiwania suwerenności miała być działalność powołanego niedawno do życia Narodowego Centrum Kryptologii (NCK). Początkowo jego siedzibą miał być teren Wojskowej Akademii Technicznej, gdzie uruchomiono specjalne studia dla kilkudziesięciu przyszłych kryptologów i operatorów walki w cyberprzestrzeni, czyli przyszłych pracowników Centrum Operacji Cybernetycznych.
Pomysł z umiejscowieniem siedziby NCK na terenie WAT nie wypalił. Na docelową siedzibę Centrum otrzymało 27 ha terenów powojskowych na terenie osiedla Piaski w Legionowie (tymczasową jest budynek przy ulicy Rakowieckiej w Warszawie). Minister Siemoniak inaugurując budowę kwatery w Legionowie mówił o uruchomieniu polskiej DARPA (słynna Defense Advanced Research Projects Agency – agencja zaawansowanych projektów obronnych USA – wylęgarnia nowych pomysłów i rozwiązań militarnych). Ponieważ podobnie wcześniej mówił o I3TO (Generał w MON, 2014-10-18), wielu obserwatorów przyjęło to jako zły omen dla NCK...
Później było już tylko gorzej. Pod koniec 2014 MON zdecydowało się zredukować liczbę przyznanych NCK etatów o ponad 60 (Departament Kadr podobnie zdecydował o losie I3TO...). Niemal 1/3 całości. Wywołało to wymianę ostrych pism między gen. Bondarykiem a Siemoniakiem, który wówczas pełnił już obowiązki wicepremiera. Bondarykowi zaproponowano przejęcie odpowiedzialności za coś, co nigdy mu nie podlegało – informatyzację i cyfryzację MON – obszar znany z licznych nieprawidłowości i afer. W końcu, podczas osobistego spotkania obaj panowie zdecydowali się na rozstanie. Bondaryk złożył prośbę o dymisję, która została przyjęta. Od 1 stycznia 2015 generał Bondaryk nie musi już wypełniać obowiązku pracy wobec MON. Według dokumentów, jego misja w NCK ma zakończyć się formalnie 24 stycznia 2015.
Obowiązki Bondaryka przejmuje jego zastępca w randze pułkownika (podobnie stało się wcześniej w I3TO). Generał pozostawia wiele ważnych, niezakończonych projektów, których finalizacja wymaga dużego autorytetu, zdecydowania i przebojowości. 12 stycznia 2015 nadzór nad cyfryzacją w MON, ale także nad problematyką kryptologii powierzono wiceministrowi Maciejowi Jankowskiemu