Według źródeł zbliżonych do rosyjskiej prokuratury wojskowej, marynarz manipulujący pulpitem sterującym systemu przeciwpożarowego spowodował jego fatalne w skutkach uruchomienie.
Marynarz Dmitrij Grobow został aresztowany. To on czasie wachty miał przestawić parametry czujników temperatury i ciśnienia. Kody dostępu do lokalnych pulpitów sterujących były w czasie próbnego rejsu zapisane na nich ołówkiem. Każdy mógł dzięki temu manipulować systemami pokładowymi. Lokalne pulpity sterujące dublują centralny pulpit sterujący w zakresie dotyczącym określonego sektora.
Grobow miał zmienić wskazania czujników w taki sposób, że przy rzeczywistej temperaturze równej 30oC, wskazywały one 78oC, co spowodowało uruchomienie systemu przeciwpożarowego (ŁOCh, patrz: Nerpa - wokół przyczyn awarii). Marynarz miał potwierdzić konieczność jego włączenia na zapytanie systemu komputerowego. Spowodował tym samym wypływ freonu wypierającego powietrze z feralnej sekcji. W efekcie 20 znajdujących się w niej osób zmarło.
Aresztowano też dowódcę sekcji, Aleksieja Wasiliewa, który miał widzieć zachowanie Grobowa, ale nic nie zrobił, by go powstrzymać.
Według byłego zastępcy generalnego konstruktora CKB Rubin, Dmitrija Romanowa, system ŁOCh nie uruchamia się automatycznie. W każdym wypadku jego zadziałanie musi zostać potwierdzone przez marynarza - z centralnego lub lokalnego pulpitu sterującego. Z tego drugiego tylko w wypadku, gdy została zerwana łączność z centralnym punktem dowodzenia. Freon może być wówczas uwalniany w zagrożonej sekcji i dwóch sąsiednich. W przypadku awarii na okręcie podwodnym Nerpa, do sekcji, w której zginęło 20 ludzi, dostało się 120 kg freonu (także z sąsiedniej sekcji, w trzeciej system nie zadziałał...).
Pojawiły się informacje, że złe zadziałanie systemu mogło być efektem awarii centralnego komputera okrętu. To miałoby tłumaczyć brak komunikatu informującego o konieczności założenia masek tlenowych.