Według szacunków jednego z zespołów analityków Pentagonu, program rozwoju F-35 wydłuży się o 2 lata i pochłonie o 15 mld USD więcej, niż planowano. Urzędnicy i przedstawiciele producenta są innego zdania.
Koszty prac badawczo-rozwojowych F-35 szacowane są obecnie na ok. 40 mld USD, z czego ponad 10% mają pokryć zagraniczni uczestnicy programu (w tym Wielka Brytania, Włochy i Holandia). Pierwsze samoloty mają trafić do US Air Force w 2011. Pierwsza transakcja eksportowa - prawdopodobnie do Izraela - ma nastąpić rok później.
Według Inside The Air Force, niezależny zespół analityków Pentagonu, na podstawie dotychczasowych doświadczeń, uzyskanych przy innych programach zbrojeniowych, stwierdził, że terminy te trzeba przesunąć w czasie o 2 lata. Jednocześnie określił, że faza rozwojowa pochłonie o 15 mld USD więcej, niż obecnie planuje się w dokumentach budżetowych.
Analiza ta wywołała reakcję urzędników i przemysłu. John Young, zastępca sekretarza obrony ds. zakupów sprzętu wojskowego, przyznał, że Pentagon szykuje dodatkową kwotę na program prób F-35. Nie jest to jednak 15 mld a 480 mln USD, które mają być wydane w 2010. Także przedstawiciele Lockheed Martina oświadczyli, że szacunki zespołu analityków są mocno przesadzone. Przyznali jednak, że koszty fazy B+R mogą być nieco wyższe, niż oficjalnie zakłada departament obrony.