Administracja amerykańska wydała już około 100 mln USD na zapewnienie bezpieczeństwa pakistańskiemu arsenałowi atomowemu. To mniej niż jeden procent wydatków na pomoc, także wojskową, dla Islamabadu, którą ten regularnie otrzymuje od jesieni 2001, kiedy prezydent, gen. Pervez Musharraf stał się filarem operacji USA w sąsiednim Afganistanie.
Od początku samodzielnych działań Stanów Zjednoczonych w Afganistanie, kontynuowanej do tej pory Operation Enduring Freedom - oddzielnej od akcji ISAF/NATO - Waszyngton wpompował w Pakistan nieco mniej niż 10 mld USD.
Dane te zawarte są w obszernym, przygotowywanym od dawna raporcie dziennika New York Times, którego druk, na prośbę Białego Domu wstrzymywano od kilku już lat. Obecnie po wydarzeniach w Pakistanie, które skierowały oczy opinii publicznej na arsenał atomowy tego kraju, administracja nie zgłosiła już zastrzeżeń do jego publikacji. Raport przedstawia szczegółowo supertajne posunięcia USA zmierzające do zapewnienia gwarancji, iż arsenał jądrowy Pakistanu nie wpadnie w ręce terrorystów, ani nie stanie się elementem gry strategicznej jakiegokolwiek przyszłego nieodpowiedzialnego reżimu tego kraju.
Wynika zeń, że wszystko zaczęło się w alarmowym tempie w kilka dni po 11 września 2001. Biały Dom, przygotowując operację oczyszczenia Afganistanu z talibów, wysłał wówczas na rozmowy w Islamabadzie ówczesnego sekretarza stanu, Colina L. Powella. Miał on przekazać gen. Musharrafowi, że Waszyngton oczekuje, iż cały arsenał nuklearny Pakistanu jeszcze przed inwazją amerykańską na Afganistan zostanie tak zabezpieczony, aby nawet w akcie totalnej desperacji nikt nie mógł się nim posłużyć. Sprawa była poważna, ponieważ CIA podejrzewała, że przynajmniej część pakistańskich sił zbrojnych może być zainfekowana bakcylem muzułmańskiej ortodoksji, propagowanej przez talibów. Tymczasem indyjski prezydent, dr Avul Pakir Jainulabdeen Abdul Kalam - ojciec hinduskiego arsenału rakietowo-jądrowego - ostrzegał, że Islamabad nie wprowadził w życie tak drastycznych procedur kontroli użycia broni atomowej, jak te, które mają Indie (wzorowanych na rozwiązaniach brytyjskich, z kilkoma stopnia autoryzacji i wielopiętrowymi kodami dostępu).
Jednym z zadań Colina Powella było przekonanie gen. Musharrafa, że powinien przyjąć amerykańską pomoc techniczną przy tworzeniu skutecznego systemu zabezpieczenia ładunków nuklearnych. Wiązałoby się to z dopuszczeniem sojuszników do pakistańskich tajemnic jądrowych. Musharraf w swoich wspomnieniach opublikowanych drukiem w postaci książki In the Line of Fire (Na linii ognia) podaje, że rozmowy były trudne i ostre. Wykazały, że Amerykanie nie ufają, iż całkowicie panuje on nad składem swoich głowic. A nadto uważają, że może on zostać usunięty lub zabity, a jego następca nie byłby tak przewidywalnym właścicielem arsenału jądrowego jak on sam. Pakistański lider wiele lat później oznajmił w wywiadzie dla New York Timesa, że ani nie oddał Amerykanom dostępu do broni jądrowej, ani nie wpuścił ich do pakistańskich laboratoriów. Zapewnił jednak Powella, że system jego własnych zabezpieczeń jest... najlepszy na świecie.
Według różnych źródeł, Pakistan dysponował wówczas kilkudziesięcioma ładunkami bojowymi, głównie dużymi i ciężkimi bombami uranowymi, które mogły w razie najwyższej konieczności być zrzucane z transportowców C-130, a pracował nad bombami lotniczymi podwieszanymi pod F-16A oraz mniejszymi głowicami plutonowymi, które można byłoby przenieść za pomocą rakiet. Zdaniem kilku ekspertów amerykańskich, Musharraf poddany ogromnej presji politycznej USA, jesienią 2001 zdecydował się rozdzielić cały arsenał jądrowy Pakistanu między 6 tajnych i dobrze strzeżonych baz. Część zaś ładunków bojowych została rozmontowana.
New York Times podaje, że w najwyższych kręgach decyzyjnych USA dwukrotnie rozważano, czy nie udostępnić władzom pakistańskim, a także wtajemniczonym naukowcom i konstruktorom, amerykańskiego systemu zabezpieczeń amunicji jądrowej, znanego jako PALS (Permissive Action Links). W 1998 roku, kiedy po raz pierwszy Pakistan przeprowadził serię próbnych wybuchów atomowych i w chwili, kiedy wysyłano Powella do Islamabadu - we wrześniu 2001.
PALS to w ogromnym skrócie pierwotny obwód elektryczny ładunku nuklearnego otwierający dopiero zasilanie głowicy. Jest on ukryty i zabezpieczony przed wyjęciem. Można go uruchomić wprowadzając skomplikowany kod. Jakakolwiek próba wprowadzenia innego kodu kończy się jego zniszczeniem. Nie można więc marzyć o uzbrojeniu głowicy. W PALS najnowszej generacji, takie działania osób nie posiadających właściwego klucza kodującego, powodują mikroeksplozje całego okablowania i broń nie nadaje się już do użytku.
Według informacji zdobytych przez nowojorski dziennik, Amerykanie w dwóch przypadkach, w interesie własnego bezpieczeństwa, podzielili się ideą działania systemu PALS nie udostępniając jednak gotowego rozwiązania. Na początku lat siedemdziesiątych Francji, rozbudowującej wówczas swój arsenał nuklearny, nie wprost przekazano zasadę działania PALS w drodze supertajnego dialogu naukowców. Użyto metody tak zwanego negatywnego naprowadzania na właściwe rozwiązanie, wysłuchując odpowiedzi Francuzów na precyzyjnie zadane 20 pytań z zakresu technologii jądrowych. Takie podchody pozwoliły zachować twarz wobec prawa amerykańskiego, zakazującego dzielenia się tajemnicami atomowymi i być w zgodzie z układem o nierozprzestrzenianiu broni jądrowej z 1968 (Nuclear Nonproliferation Treaty). Układ zabrania współpracy międzynarodowej przy pracach nad bronią atomową.
Po raz drugi do takiego dziwnego dialogu i pośredniego przekazania rozwiązań PALS doszło między USA i Rosją po upadku ZSRR, kiedy Amerykanie poważnie obawiali się o bezpieczeństwo poradzieckich arsenałów.
New York Times podaje, że administracja Billa Clintona zastanawiała się, czy sekrety PALS przekazać także Chinom w taki sam sprawdzony już sposób. Przeważył jednak pogląd, że Chińczycy otrzymają w ten sposób zbyt wiele wiedzy na temat konstrukcji głowic, która pozwoliłaby im znacznie je udoskonalić i sprawę odłożono ad acta.
W 1998 roku, po pakistańskich próbach atomowych rozważano, czy nie należy zapoznać Islamabadu z PALS. Efektem burzy mózgów na linii Biały Dom-Departament Obrony-Departament Stanu była konkluzja, że jest na to za wcześnie, ponieważ Pakistan nie miał jeszcze wówczas efektywnych głowic bojowych. Ekipa Clinton zaś była przekonana, że drogą nacisków politycznych i ekonomicznych uda się wyhamować, a nawet cofnąć militarny program jądrowy Pakistanu.
Ponownie do sprawy wrócili republikanie George W. Busha jesienią 2001. I znów decyzja była negatywna. Z kilku istotnych powodów.
Po pierwsze, nie można było przekazać Pakistańczykom de facto technologii zabezpieczenia broni jądrowej bez złamania co najmniej kilku ustaw i poprawek Kongresu USA, uchwalonych właśnie z myślą o zbrojeniach atomowych Pakistanu. Po drugie, Islamabad w żaden sposób nie godził się na wmontowanie czegokolwiek, co pochodziło z USA do swoich ładunków nuklearnych. Okazało się, że wszyscy eksperci, inżynierowie i konstruktorzy uzbrojenia w Pakistanie ostrzegali Musharrafa, że Amerykanie wprowadzą w ten sposób do narodowego arsenału strategicznego Pakistanu takie oprogramowanie, które wyłączyłoby go na dobre lub oddało panowanie nad nim w ręce USA.
Waszyngton zdecydował się więc na program bardziej konwencjonalny. Wydano 100 milionów dolarów na szkolenie pakistańskiego personelu (także w USA), strzegącego baz, w których przechowywana jest amunicja jądrowa. Na płoty, systemy alarmowe, a wreszcie na wyposażenie i uzbrojenie (od gogli noktowizyjnych po śmigłowce) specjalnych jednostek armii pakistańskiej odpowiedzialnych za nadzór nad głowicami. New York Times uzyskał dane świadczące o tym, że supertajny program jest dziełem ministerstwa energetyki, które tradycyjnie w USA nadzoruje rozwój broni nuklearnej, a także Departamentu Stanu. Bazowano przy tym na doświadczeniach z zabezpieczaniem składów amunicji jądrowej pozostawionej w bazach po rozpadzie ZSRR.
Efektem tego wszystkiego jest oświadczenie gen. Khalida Kidwai - odpowiedzialnego za bezpieczeństwo pakistańskich instalacji atomowych - że z międzynarodową pomocą zbudowano znacznie doskonalszy system nadzoru i kontroli. W listopadzie 2007 admirał Mike Mullen, szef Połączonego Komitetu Sztabów sił zbrojnych USA oświadczył, że ma zaufanie do pakistańskiego systemu zabezpieczeń broni nuklearnej.