W bazie Kōkū Jieitai (wojsk lotniczych Japonii) Hyakuri 9 marca odbyła się uroczystość pożegnania ostatnich samolotów rozpoznawczych RF-4EJ Phantom II. 6 samolotów tego typu wykonało rano i po południu ostatnie loty. Ostatnim, który wylądował, był pierwszy RF-4EJ dostarczony do Japonii (nr takt. 47-6901).
Japończycy rozpoczęli eksploatację rozpoznawczych Phantomów II w połowie lat 1970. Dostawy 14 RF-4EJ, wyprodukowanych w USA, zrealizowano od 26 listopada 1974 do 8 czerwca 1975. Zastąpiły one w wyposażeniu 501. hikotai (eskadry) RF-86F, eksploatowane od początku istnienia jednostki, czyli od grudnia 1961. Ze względu na embargo RF-4EJ otrzymały niektóre elementy wyprodukowane przez rodzimy przemysł.
Począwszy od 1992 do wersji RF-4EJ zmodernizowano kolejnych 15 samolotów (7 F-4EJ i 8 F-4EJ Kai), tym razem z zapasów Kōkū Jieitai. Zostały one wyposażone w zasobnik rozpoznania elektronicznego z łączem informacyjnym, zasobnik TAC z kamerami KS-135A i KS-95B, termowizyjny układ obserwacji D-500UR i zasobnik rozpoznawczy z kamerą KS-146B.
RF-4EJ były również używane podczas misji niesienia pomocy ofiarom katastrof. W 2011 piloci 501. hikotai wykonywali zdjęcia obszarów po katastrofie reaktora w elektrowni atonmowej Fukushima, a także dokumentowali zniszczenia spowodowane tsunami. W ciągu 45 lat eksploatacji utracono tylko 2 RF-4EJ.
14 marca 501. hikotai eksploatująca RF-4EJ zostanie oficjalnie rozwiązana. Kilka samolotów tego typu zostanie przekazanych do muzeów, a reszta zostanie zezłomowana.
Obecnie jedyną japońską jednostką eksploatującą Phantomy II jest 301. hikotai, również stacjonująca w Hyakuri. Jednak za kilka miesięcy jej personel przeniesie się do bazy Misawa, gdzie eskadra zostanie wyekwipowana w wielozadaniowe samoloty bojowe F-35A (Japonia chce kupić jeszcze 100 F-35, 2018-11-28).