W krótkim czasie z kierowniczych stanowisk w SZ i MON zostali odwołani lub rezygnowali generałowie Dominikowski, Skrzypczak, Szczepaniak i Kwiatkowski. Wkrótce odejdzie odpowiedzialny za zakupy wiceminister Zenon Kosiniak-Kamysz.
W kwietniu 2008 za komentowanie sytuacji w wojsku i swojej jednostce po wydarzeniach w afgańskim Nangar Khel odwołany został dowódca 6. Brygady Desantowo-Szturmowej, gen. Jerzy Wójcik. Po stronie żołnierzy stanął wówczas także dowódca WL, gen. Waldemar Skrzypczak. Do dymisji podał się jednak dopiero po ponad roku, gdy zarzucił błędy kierownictwu MON w zaopatrywaniu kontyngentu afgańskiego.
W jego ślady chciał pójść dowódca operacyjny Sił Zbrojnych, gen. broni Bronisław Kwiatkowski, odpowiedzialny za misje zagraniczne. Zamierzał skrócić kadencję o kilka miesięcy i odejść w styczniu przyszłego roku. Powodem dymisji miała być nieuzasadniona krytyka jego poczynań w Afganistanie, formułowana przez najbliższe otoczenie ministra obrony, Bogdana Klicha. Ostatecznie, po rozmowach z ministrem zachowano status quo.
Poważne zmiany dotyczą również pionu zakupów wojskowych. W lipcu ze stanowiskiem pożegnał się gen. dyw. Zygmunt Dominikowski, doradca podsekretarz stanu ds. Uzbrojenia i Modernizacji Zenona Kosiniak-Kamysza. We wrześniu ze stanowiska dyrektora Departamentu Zaopatrywania Sił Zbrojnych MON odwołany został gen. bryg. Sławomir Szczepaniak. W październiku na placówkę dyplomatyczną (prawdopodobnie w Kanadzie) odejdzie sam Kosiniak-Kamysz.
Miejsce gen. Dominikowskiego, po zamianie etatu z wojskowego na cywilny, zajął Marcin Idzik (na zdjęciu), łącząc tę funkcję ze stanowiskiem Pełnomocnika Ministra Obrony Narodowej ds. Procedur Antykorupcyjnych. To młody prawnik z Krakowa, który był jednym z współpracowników Bogdana Klicha, w okresie sprawowania przez niego funkcji europosła. Przyszedł do MON na miejsce Macieja Wnuka - uplasowanego tam przez Radosława Sikorskiego (Komisarz z PiS odchodzi z MON). Wnuk znany był z forsowania pod pozorem walki z korupcją różnych niekorzystnych dla MON rozwiązań, np. rezygnacji z programu budowy KTO Rosomak (Rozstrzeliwanie Rosomaka). Wpływał też na resortowe zakupy, m.in. systemu informatycznego wsparcia eksploatacji F-16 i samolotów dla VIP (Samoloty VIP: Do krwi ostatniej?), forsując w tym wypadku wymagania korzystne dla brazylijskiego Embraera (chyba dopiął swego, obecnie MON i ARP przygotowują umowę związaną z 4-letnim leasingiem 2 wybranych bez przetargu Embraerów 175 za ponad 200 mln zł - kwotę, za którą można kupić dwa nowe samoloty spełniające normalne wymagania wobec samolotów VIP, Embraery bez przetargu) i popierał interesy USA w Polsce (Urzędnik MON lobuje za przemysłem USA). Po MON Wnuk trafił do kierowanego przez Sikorskiego MSZ, gdzie też - przynajmniej formalnie - zajmuje się walką z korupcją.
Sam Radosław Sikorski zachował ogromne wpływy w MON. W resorcie pozostało dwóch zastępców Wnuka, którzy kontynuowali jego sposób funkcjonowania, a funkcje wiceministrów objęło dwóch zawodowych dyplomatów, liczących zapewne na dalszą karierę w tym zawodzie - Stanisław Jerzy Komorowski i Zenon Kosiniak-Kamysz. Ten ostatni reprezentował w resorcie koalicjanta PO - PSL. Po wyrażeniu przez szefa PSL, wicepremiera Waldemara Pawlaka, brakiem zainteresowania dalszą obecnością przedstawicieli tej partii w MON, Kosiniak-Kamysz odchodzi. Między innymi ze względu na zabójcze dla armii ograniczenie budżetu modernizacyjnego MON i niewielki wpływ na rozdysponowanie pozostałych środków.
Przymiarki do wybrania następcy Kosiniaka-Kamysza trwają od kilku miesięcy. Kilku kandydatów odpadło z rywalizacji z powodu problemów lustracyjnych. Obecnie minister Bogdan Klich forsuje na to kluczowe w MON stanowisko Marcina Idzika. Warto przypomnieć, że pod okiem Idzika MON zakupiło m.in. niepotrzebne Siłom Zbrojnym samoloty transportowe Bryza (Karmienie nowotworu), by wesprzeć amerykańską spółkę w Mielcu, i dokonywało wielu innych budzących poważne wątpliwości transakcji, a z niejasnych przyczyn blokowało inne, dotyczące zakupów ważnych dla żołnierzy walczących w Afganistanie (bsl, śmigłowce itp., MON chce 5 Mi-17).
Zmiany personalne w MON wdrażane są w okresie deklarowanych wzmożonych zakupów na rzecz kontyngentu afgańskiego. Mogą one jeszcze pogłębić bałagan panujący w resorcie kierowanym przez Bogdana Klicha.